疫苗注射虽然大都安全有效的，但依然有可能引起副作用。例如注射后，可能会出现针口位置疼痛及红肿、肌肉痛、头痛、疲倦、发烧等，但大多的症状属轻微，并会在短时间内自动消退。部分案例显示，有人在接种疫苗后出现过敏性休克（anaphylaxis），当中大部分人曾有敏感或过敏反应的记录。而科兴及BioNTech疫苗都有列明，如对该疫苗及其成分有过敏反应、曾发生严重过敏反应的人士，均不建议接种疫苗。

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