事實上，光子脫毛主要針對的對象是毛幹和毛囊中的黑色素，當光子進入皮膚後會吸收大量能量，並迅速升溫，繼而破壞毛囊及影響毛囊的生長週期，讓毛髮生長期縮短，休止期延長，從而抑制毛髮的生長。
因此，理論上光子脫毛並不會損害皮膚，但具體還是要看看光子脫毛機的配置。好比日式脫毛機CLEAR/SP-J採用目前最先進的THR模式，利用接近紅外線領域的波長，擴大光源照射及浸透肌膚底部，能接近更多處於生長期的毛髮，使脫毛效果更加出色。
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